佳木斯大学附属第一医院（临床医学院）机构共计69个，其中行政29个、医疗32个、医技8个。

一、行政科室

（1）办公室

（2）组织部

（3）宣传统战部

（4）纪检工作部

（5）工会

（6）离退休工作部

（7）运营绩效部

（8）人力资源部

（9）财务部

（10）审计工作部

（11）医务部

（12）护理部

（13）质量控制办

（14）感染控制办

（15）医疗保险管理部

（16）门诊部

（17）收费结算中心

（18）病案管理中心

（19）维权工作部

（20）网络信息中心

（21）招标办

（22）设备管理部

（23）物资供应部

（24）后勤部

（25）综合服务部

（26）安保部

（27）公共卫生科

（28）科研科

（29）学工办*团委

（30）教务科

（31）毕业后医学与继续教育部

二、医疗科室

（32）肿瘤介入科

（33）消化内科

（34）心血管内科

（35）神经内科

（36）呼吸与危重症医学科

（37）肾内科

（38）血液内科

（39）内分泌科

（40）风湿免疫科

（41）感染内科

（42）老年病科

（43）肿瘤综合科

（44）全科医疗科

（45）普通外科

（46）神经外科

（47）骨外科

（48）心胸外科

（49）泌尿外科

（50）妇产科

（51）整形美容烧伤创面中心

（52）麻醉手术科

（53）眼科

（54）耳鼻咽喉科

（55）口腔科

（56）儿科

（57）儿童保健科

（58）急诊科

（59）重症医学科

（60）康复医学科

（61）中医针灸科

（62）皮肤科

（63）临床营养科

（64）健康管理体检中心

三、医技科室

（65）超声医学科

（66）医学影像中心

（67）核医学科

（68）医学检验科

（69）输血科

（70）病理科

（71）药学部

（72）消毒供应中心