药学部原名药剂科，始建于1954 年，2023年更名为药学部。2010年被中国医院协会确定为国家级临床药师培训基地，2019年被国家卫健委确定为紧缺人才临床药师培训项目基地，同年被确定为佳木斯市药事管理质控中心牵头单位。

科室现设有门诊药局、急诊药局、内科药局、外科药局、静脉营养药局、夜间药局以及药品库房、液体库房和临床药学室。作为国家级临床药师培训基地，现开设心血管内科、通科两个专业，已累计招收培养学员一百余人。作为临床药理学教研室，同时承担佳木斯大学临床医学、检验医学本科生和药学院研究生教学以及实习指导等工作，在完成自身任务的同时，为区域药学人才培养建设做出了自己的努力和贡献。

自2007年起，科室先后培养神经内科、心血管内科、呼吸内科、消化内科、内分泌科、肾内科、儿科、抗感染治疗、抗肿瘤治疗、抗凝治疗、肠外肠内营养治疗及通科专业临床药师，积极参与MDT团队诊疗、疑难病例会诊、住院药学监护等工作。2016年住院药房启动药品配送到病区模式；2017年率先开展药学门诊服务；2022年引入合理用药监测系统，开展处方及医嘱前置审核；2024年运行外配处方电子流转；2025年引进门诊发药追溯码采集及核对系统，同时推进住院用药追溯码采集工作。2025年药学门诊启动收费模式，聚焦心血管内科、神经内科、内分泌科、抗凝治疗及抗肿瘤用药等常见慢病，为患者提供药学服务。同年运行住院诊查（临床药学）服务，参与临床医生住院巡诊，协同制定个体化药物治疗方案，进行用药监护和用药指导等药学服务，充分发挥临床药师指导与服务职能。全体药师积极强化“以患者为中心”的工作理念，以实现全程药学服务为目标，深入开展药学服务。

经过半个多世纪的发展，药学部现已成为负责全院药事管理、药品供应与调剂、药品质量管理、临床药学服务、医院药学研究、临床药学教学、科研以及药学人才培养的综合型药学管理与服务部门，先后荣获“第二届全国医院药事管理优秀奖”、“中国医院药学优秀团队奖”等荣誉称号，在持续提升药事管理工作质量和保障患者用药安全、经济、有效等方面发挥着重要作用。